待明朝的局势稳定后，朱元璋开始整顿吏治，严打贪污腐败。因为他出身贫苦，小时候经常被贪官污吏敲诈勒索，加上元朝的政治混乱，最终导致其灭亡，故他决定以猛治国。他在全国掀起了“反贪官”运动，矛头直指从中央到地方的各级贪官。
朱元璋的反贪行动，是分步骤进行的。首先，他下令对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。从地方县、府到中央六部和中书省，只要有官员贪污，不管他的身份是什么，决不心慈手软，定要彻查到底。
其次，由于明初的中书省下属六部中，大量留用前朝的官员和一些靠造反起家的功臣。导致他们有恃无恐，贪赃枉法。于是朱元璋下令对这些官员进行严处。然后，朱元璋利用残酷的刑法来处置贪官，使用“剥皮揎草”、挑筋、削膝盖等酷刑。这些酷刑，让一批官员非常害怕，贪污行为大为收敛。
第四，朱元璋对自己培养的官员也不手软。为了培养和提拔新官员，他特意成立了培养人才的国子监，让一些没有入仕的年轻读书人有机会升迁。他对这些人厚爱有加，经常亲自教育他们要尽忠职守，不被私利所诱惑。
第五，朱元璋制定了两本整肃贪污的纲领，分别是《大诰》和《醒贪简要录》。其中，《大诰》是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中叙述了他对贪官的态度、处理方法等。两本书一问世，他就下令在全国广泛宣传。
除此之外，朱元璋还制定了其他办法，例如允许百姓上访等措施。在位三十一年，朱元璋先后发起六次大规模的肃贪运动，因此而死的贪官污吏达15万人之多。他即将退位时，下令后世子孙要继续沿用自己打贪的方法。但是，明朝的贪污现象并未得到根除，这是为何？
从明仁宗、明宣宗时期开始，历经多年战乱的明朝开始启用怀柔政策，这导致部分官员又起了贪污的心思。明成祖时期，因宰相之位被朱元璋废除，可宰相的工作需要人分担，故他把这些工作分给了一些太监。太监拿着鸡毛当令箭，为了满足自己贪婪的私欲，导致贪污成风，朝中风气越来越差。
最重要的是，明朝官员的工资普遍偏低。上有老母需奉养，下有妻子儿女需要养育，还有官场中的人情往来，这些都要花钱，但俸禄根本不够用。于是，一些官员开始走上了贪污之路。虽然曾经有官员向皇帝提出提高俸禄一事，但一直未落实。因此，皇帝对官员们的贪污是睁一只眼，闭一只眼。所以，明朝的贪污腐败之风，才会一直存在。