大伽马离开印度后，他留下的五艘船负责掠夺阿拉伯船只，破坏埃及和印度之间的贸易。葡萄牙也是欧洲人在亚洲设立的第一支永久舰队。为了报复，沙末林组织了5万名反对葡萄牙和柯钦联盟的军队，与葡萄牙人进行了讨伐。葡萄牙人和柯钦军队逃到一个岛上，直到1504年另一支葡萄牙舰队到来。这加深了柯钦与卡利卡特的仇恨，也促使柯钦更接近葡萄牙。同年，葡萄牙与柯钦正式成立联盟，并将在这里建造的永久据点称为曼努埃尔，这是葡萄牙国王的名字，以显示这一据点的重要性。从1502年到1505年，曼努埃尔多次派舰队在海洋上拦截阿拉伯商船，以确保其对香料贸易的垄断。在达伽马之前，每年有350万磅的香料从传统的商业道路流向欧洲，而近年来，平均每年不到100万磅。据估计，近年来，曼努埃尔从香料贸易中平均每年净收入为100万克罗塞多。尽管卡布拉尔和达伽马全力“摧毁”和“扭转”，但他们仍然未能垄断所有的香料贸易。经验表明，只靠一两个据点，即使每年派远征队装运香料，也做不到这一点。因此，有必要在印度设立一支军队。
战前1505年，葡萄牙国王曼努埃尔一世受到达迦马的启发，派出第一个总督堂·弗朗西斯哥·德·阿尔梅达带领21艘船加强东非和印度新建的葡萄牙殖民地。1505年3月，第一任印度总督弗兰西斯科·德·阿尔梅达率领20艘船离开里斯本，包括300或400名接受过军事训练的水手、1500名士兵、200多名炮手和各种工匠，后来命令西班牙环球航行麦哲伦，但他是一名下级军官，在一场战斗中受伤。简而言之，这支舰队的任务是征服印度，垄断香料贸易。与此同时，他们还承担着传教的责任。阿尔梅达控制了与阿拉伯和印度在东非海岸的贸易，并将柯钦变成了印度葡萄牙的贸易中心。
一方面，他们控制港口贸易，另一方面，他们派船只攻击阿拉伯和伊朗的海上船只。要控制印度洋，必须掌握两个关键点，一个是红海出海口，另一个是波斯湾出海口，另一个是霍尔木兹城，霍尔木兹城必须控制出海口。葡萄牙人在1507年占领了这座城市，然后强行征税。像往常一样，他们采取了极其残忍的手段：割掉所有俘虏的鼻子，割掉所有男人的右手，割掉女人的耳朵。但由于立足不稳，他们占领这座城市的时间并不长。为了在印度航线上进行香料贸易，葡萄牙在里斯本成立了一家印度公司，专门负责此事。东方贸易中心由威尼斯转移到里斯本和安特卫普。这种贸易分配体系的重大变化极大地损害了威尼斯人过去掌握东方贸易的利益。到1504年，他们的船只在地中海港口没有香料，这引起了威尼斯人的强烈不满。这时，一个天主教国家和一个伊斯兰教国家反对另一个天主教国家，威尼斯人帮助埃及人建立舰队来打击葡萄牙人。