政治方面：反清复明运动缺乏统一的领导和组织，内部分裂和争斗严重，难以形成有效的抗清力量。
反清复明运动的主要参与者包括南明政权、明郑政权、东宁政权、朝鲜王朝、东南亚华人、各地民间教派和秘密会社等。这些政权和团体之间，虽然都有反清复明的共同目标，但是在具体的政治主张、军事策略、经济利益和文化认同等方面，却存在着很大的差异和矛盾。他们之间缺乏有效的沟通和协调，甚至时常发生内讧和战争，削弱了自身的力量，也给清朝提供了分化和瓦解的机会。
例如，南明政权在明朝宗室中，就出现了多个争夺皇位的候选人，如福王、桂王、唐王、鲁王、永历帝等，他们之间互不承认，互相攻伐，导致南明政权的分裂和衰落。明郑政权和东宁政权，虽然都是郑成功家族建立的，但是在郑成功死后，就出现了继承和分裂的问题，导致两个政权的对立和战争，最终都被清朝消灭。
朝鲜王朝，虽然曾经筹划过北伐计划，但是由于朝鲜贵族的反对和清朝的威胁，最终放弃了这个计划，继续作为清朝的藩属国。东南亚华人，虽然曾经多次发动反清起义，但是由于受到当地政府的镇压和清朝的追杀，最终都被失败和屠杀。各地民间教派和秘密会社，虽然曾经掀起过白莲教起义、太平天国运动、捻军起义、义和团运动等声势浩大的抗清斗争，但是由于缺乏清晰的政治纲领和组织纪律，以及受到清朝军队和西方列强的联合打击，最终都被镇压和消灭。
军事方面：反清复明运动面临着清朝军队和西方列强的强大压力，难以抵抗和突破。
清朝军队是一个由满族、蒙古族、汉族等多个民族组成的多元化军队，具有强大的战斗力和机动性。清朝军队在入关之后，不断地对南方和海外的反清力量进行追剿和征服，同时也不断地改革和完善自己的军事制度和装备，以适应新的战争环境和对手。清朝军队在与反清力量的战争中，往往能够占据主动和优势，给反清力量造成了巨大的伤亡和损失。例如，清朝军队在南明政权的灭亡中，发挥了决定性的作用，先后击败了南明的各路军队，包括李成栋、刘泽清、郑芝龙、高迎祥、张煌言、李定国等，最终俘虏了永历帝，结束了南明的抗争。清朝军队在明郑政权的灭亡中，也发挥了重要的作用，先后击败了明郑的各路军队，包括郑成功、郑经、郑克塽、郑克等，最终攻占了台湾，结束了明郑的抗争。
清朝军队在东宁政权的灭亡中，同样发挥了关键的作用，先后击败了东宁的各路军队，包括郑成功、郑经、郑克、尚可喜等，最终攻占了澎湖，结束了东宁的抗争。清朝军队在太平天国运动的镇压中，也发挥了重要的作用，先后击败了太平天国的各路军队，包括洪秀全、杨秀清、石达开、李秀成、陈玉成等，最终攻占了天京，结束了太平天国的抗争。
西方列强是指从19世纪中期开始，以英国、法国、俄国、德国、日本等为代表的一些工业化国家，他们利用自己的科技和军事优势，对中国进行了一系列的侵略和干涉，迫使清朝签订了一系列的不平等条约，剥夺了清朝的主权和利益。西方列强在与反清力量的战争中，往往能够占据绝对的优势，给反清力量造成了致命的打击和破坏。