蒙古成吉思汗军团主要有两条战线：南下和西征。南下征服宋金广大地区，西征欧洲大陆。在成吉思汗的南下计划中，他一直把金人当作强大的对手，而不是南宋。然而，金人让成吉思汗失望，骄傲的生活早已抹去了他们的斗志，成吉思汗之子窝阔台大汗不费吹灰之力就毁了金国。当成吉思汗的西征大军在欧洲大陆战无不胜，直达多瑙河沿岸时，蒙古南下大军遇到了成吉思汗战争以来南宋最大的困难。从此，南宋成为蒙古统一中国的最大障碍。历史往往喜欢开玩笑。南宋被成吉思汗从不关注，让成吉思汗统一中国的愿望搁浅了40年。在过去的40年里，蒙古军队多次南下征宋，但每次都失败了。
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公元1234年，窝阔台大汗灭金后，蒙古大军北撤。南宋朝廷想趁机收复洛阳、汴梁、商丘三京，开始北伐。为了防止南宋北伐，蒙古挖掘了黄河大堤，淹没了宋军，宋军大败。1235年，蒙古大军在第二次西征的同时，也南下攻宋，分为东西两路进攻襄樊和四川，准备在长江集结，横渡长江。然而，南下的蒙古大军却遭到了宋军的顽强抵抗，南宋名将孟贡率军取得江陵大捷，粉碎了蒙古军南渡的企图。
这是蒙古对南宋战争的第一次失败。从1235年到1241年的六年里，蒙宋之间发动了一场长期的拔河战争，每一场都有自己的胜利和失败。后来，杜高和孟公击败了蒙古东路军，孟公击败了蒙古西路军，解除了蒙古军队对南宋的威胁，蒙古军队因重创不得不撤退。第一次蒙宋战争以蒙古失败告终。
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1241年，蒙古大汗窝阔台病死后，其子贵继承汗位，期间也率军攻打四川，也以失败告终。三年后，贵由去世。1251年，成吉思汗的孙子、拖雷的长子蒙哥成了蒙古大汗。蒙哥在位期间，发动了蒙宋之间的第二次战争。为避免长江自然危险，蒙古军队采取迂回包围战术，分为北、中、南三条道路：南路10万军队直接进入大理国，经广西，进入长沙；蒙哥带领南下四川，进入重庆；忽必烈带领北路进入武汉。三路大军计划在武汉会合，然后顺江东进，直接去临安，一举灭亡南宋。
然而，战争并没有那么简单。尽管南宋名将孟巩、杜高早已病逝，但蒙古北路军和中路军在武汉和合州仍遭到宋军的顽强抵抗，久攻不克。最后，蒙哥大汗战死，蒙军撤退。蒙哥死后，蒙古陷入了汗位之争，忽必烈也急于回国抢夺汗位。然而，在如此关键的时刻，南宋权臣贾似道背着朝廷前来议和，双方签署了议和协议，蒙军开始撤军。1260年，蒙军全部撤回北方，蒙宋第二次战争结束。蒙古南征，大汗战死，三路军也无功返回。
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第二次蒙宋战争结束后的四年里，蒙古一直处于内乱之中。忽必烈和弟弟阿里不哥争夺汗位，双方都展开了内战，没有时间南顾。1264年，忽必烈打败了阿里不哥，结束了蒙古四年的内乱。然而，南宋朝廷并没有抓住蒙古内乱的有利时机来发展自己，政府更加腐败。