波折的征途
1588年5月9日上午，停泊在里斯本港的无敌舰队的所有船只都拔锚起航，通过贝伦塔沿着特茹河起航。然而，越来越强的西风正从海上吹到河口，舰队不得不再次在河口附近的城堡前抛锚待机。强烈的西风不停地吹着，无敌舰队在特茹河口停泊了20多天。
腓力二世向在特茹河口等待天气好转的西多尼亚发送了一份最新的信息和指令，上面写着：
“据推测，德雷克舰队目前非常弱。他正在普利茅斯港闭门，可能是为了避免与无敌舰队全面战斗。当无敌舰队通过普利茅斯海域时，其他在敦刻尔克海域巡逻的英格兰舰队将从后面发动攻击。德雷克可能要等到所有西班牙军队都在英格兰登陆后再攻击无敌舰队。
因此，在击败德雷克舰队之前，西多尼亚必须努力保持无敌舰队的战斗力，以免损失。与帕尔马会面后，你可以用相机行事，在海上或在港口攻击舰队。在此之前，我们不能说避免战斗，但我们不应该先挑战敌人。尽管德雷克舰队将前来骚扰和威胁中国沿海港口，但西多尼亚必须尽最大努力与帕尔马会面。
腓力二世的指示是根据西班牙情报网头目驻巴黎大使门德萨提供的情报发出的。在他的情报中，英格兰海军将领之间的约翰被夸大了·霍金斯创新造船政策造成的意见分歧。因此，腓力二世做出了“英格兰舰队战斗力弱”的判断。
130艘无敌舰队是一支特殊的混合舰队，具有不同的国家、语言和生活习惯。因此，西多尼亚对信号和联系方式进行了整改和统一，并制作了编制舰队所需的航海要领、阵型程序和战斗指令的文件，分发给所有船只。由熟悉海峡和北海的西班牙人、荷兰人、布列塔尼人和英格兰天主教徒组成的领航员组也分配给各舰队的指挥官。
天气终于在1588年5月28日恢复正常。西多尼亚立即下达起航命令，无敌舰队开始静静地沿着特茹河而下。无敌舰从 沿着葡萄牙海岸逆风北上的海域航行历经千辛万苦。风向变化无常，一时刮风，一时变成西风，来回捉弄舰队，有时没有丝风，舰队在大西洋汹涌的波涛中颠簸漂流。有时候，猛烈的逆风袭来，把舰队吹向南方。由于如此恶劣的天气和混合舰队本身的缺陷，从里斯本到伊比利亚半岛西北端的菲尼斯特雷角只有156海里，航行了13天。人们很快就意识到远征的未来是艰难的。
从里斯本港起航后20天，即6月19日，那天晚上，微风习习，但仍然很闷热。深夜，强烈的西南风突然刮起。甚至一艘在拉科鲁尼亚湾避风的帆船也被从停泊地刮走，另一艘拖着锚的加里昂船相撞，遭到严重破坏。其他留在外面的船只，漂泊到远离风头陆地的地方，以免被划伤和触角。为了保险起见，船只斗各行其是，随风漂泊，七零八落，不成队形。
直到24日，仍有30艘船下落不明。这些船载着大约6000名水手和士兵。在许多能承受风暴的船上，一些船员患有痢疾和伤寒，因为他们吃了腐败的食物。此外，大多数船只受到不同程度的损坏，桅杆和帆桁架被吹断，失锚和漏水很常见。
无敌舰队在拉科鲁尼亚停泊了一个多月，专注于修理船体、补充食物和治疗病人。这样，直到7月21日，无敌舰队才恢复到原来的战斗力。7月22日凌晨，无敌舰队的所有船只都乘着强大的南风驶出拉科鲁尼亚湾，前往英格兰。
7月29日下午，当西班牙人的视野出现在英格兰西南部的海岸线上时，公爵命令所有旗舰升起圣玛利亚和耶稣受难的旗帜和十字旗，并集中舰队的所有人员在每艘船的甲板上看弥撒。随后，公爵召集高级将领在战前举行最后一次战斗会议。在会议上，里卡尔德和雷瓦等人提议立即攻击普利茅斯港，因为据说德雷克在香港。由于英国海军在炮击方面具有优势，西班牙人必须迫使英国军舰在不利于炮火力量的狭窄水域进行战斗，才能实施他们擅长的接舷战和白刃突击。退一步说，即使英国主力无法歼灭，至少也可以堵在狭窄的港区，让无敌舰队的其他舰队只能护送陆战部队在不受阻碍的情况下驶往预定地点。然而，公爵否认了这一计划。他强调，国王的命令是尽快运送和护送军队到达佛兰德斯沿海的集合点，避免与英国舰队的正面对抗。
他的决定受到后世历史学家的批评，但他这样做并非不合理：首先，英国舰队的主力军是否确实在香港仍然存在问题；其次，西班牙船只和船长缺乏在敌对港口作战的经验。他们的船很重，普利茅斯港以其曲折的峡湾和遍布浅滩和暗礁而闻名；第三，如果实施这一计划，舰队将不可避免地分散军队，这对保护舰队运输补给品和陆战部队的23艘补给船非常不利，并保持紧密的防御阵型。
海战经过
从8月6日下午开始，无敌舰队开始锚定在加莱泊地下。根据计划，西多尼亚公爵的舰队将与携带帕尔马公爵入侵部队的驳船队会合，但后者没有出现。前一天，西多尼亚公爵派他的秘书催促帕尔马公爵采取行动，但之前派出的小三桅船当天回来了，带回了一个令人沮丧的消息，说帕尔马还留在布鲁日的司令部，到目前为止还没有一兵一卒上船。然而，实际原因可能是荷兰舰队封锁了敦刻尔克和格拉沃利纳附近的海面，使帕尔马公爵的佛兰德斯军团无法登船。
但无论如何，英国人抓住了这个机会，霍华德和德雷克决定在第二天晚上攻击西班牙舰队。8月7日晚，附近海域的风向由西南向西转变，这也与沿海潮汐的方向一致。因为那天晚上是满月，所以赶上了天文潮。时间和地点都在英国人一边。晚上，一吨由武装帆船改装而成的纵火船开始冲向东几公里外的西班牙船只聚集区。清晨刚过，西班牙的哨声报告说，“两艘燃烧的船从公里外驶来”。显然，由于缺乏经验，纵火船上的英国水手过早地点燃了船，给了西班牙人15到20分钟的预警时间。这不是一次突然的袭击，因为公爵也预测英国和荷兰的可育旨在攻击锚地。前一天，他命令各队的小船只在锚地东西两侧组成警戒编队。这一部署起到了一定的作用，两艘火船被前者钩住，并被拖离了预定的路线。
然而，另外六艘英国船燃起熊熊大火，即将冲进锚地。据英国称，西班牙舰队接下来发生了严重的恐慌，舰长下令砍断锚缆。然而，现代历史学家的研究表明，西多尼亚公爵本人发布了“切断锚缆并起航”的命令，这是他当时唯一能做出的正确选择。小型三桅快船在锚地上穿梭，公爵的命令很快就实施了。大多数船只的操作表明，西班牙海员的航海能力仍然值得称赞。只有两艘船在黑暗中碰撞，导致帆船“圣洛伦佐”号的尾舵损坏，不得不使用桨缓慢行驶（没有尾舵的帮助，无法实现空中航行）。
下一场战斗应该是片面的，因为西班牙军舰只能单独战斗，但两起表面上的事故暂时拯救了西班牙舰队的命运。从8月8日黎明开始，战斗首先在两个孤立的战场上展开。霍华德的分舰队(然而，在加莱海岸搁浅的雨果座舰“圣洛伦佐”号周围 后来，英国舰队的1/2被吸引。在桨帆战舰编队的旗舰上，双方展开了激烈的白刃战。在混战中，雨果本人被枪弹杀死，这艘船一渡被英军占领。在德雷克的带领下，英国舰队的其他舰队开始围攻返回锚地的圣马丁号和其他四艘大帆船(“葡萄牙圣胡安”、“圣马尔科”和“ 圣胡安巴蒂斯塔和圣马特奥)。
遭遇飓风
1588年8月9日(星期二)黎明，两支舰队再次接近1.5公里。很快，海上的风又停了，双方就这样对峙。经过10天惊心动魄的海上战斗，无敌舰队的士气开始崩溃，一些舰队开始有离开队列向英国人投降或擅自逃跑的意图。西多尼亚公爵不得不逮捕几名船长，其中一人在几个小时后被挂在桅杆上的绪端绞死。当西南风再次吹在海上时，公爵举行了最后一次战斗会议。会议上，船长们一致同意，如果风向发生变化，他们将返回海峡继续战斗，否则舰队只能深入北海，绕道不列颠岛北端，穿过设德兰群岛进入大西洋，然后沿着爱尔兰海岸返回西班牙拉科鲁尼亚。一整天，西班牙舰队都在为长途返航做准备，重新分配各舰的面包、淡水等补给品。公爵低估了大西洋的高纬度地区 他乐观地认为，无敌舰队将顺利返回西班牙，然后明年返回英吉利海峡。然而，双方指挥官都不知道的是，暴力的自然将完成英国舰队未完成的使命。
霍华德一直跟随无敌舰队，直到8月12日无敌舰队经过苏格兰的“前河口湾”，以防止西班牙人登陆英格兰北部。然而，西班牙水手很少在高纬度水域航行。气温的急剧下降、海边的雾和风暴使西班牙舰队开始分散。到8月14日，他们无法保持紧密的队形，强风吹向挪威海岸。持续的暴风雨使西班牙船只漂移在未知的海面上，船员无法测量纬度，只能按照磁罗盘的指示继续南行。9月3日，旗舰“圣马丁”号周围只剩下60艘船。公爵在当天的日记中写道：“我祈祷善良的上帝给我们一个好天气，让我们靠近香港，因为舰队的供应太少了。如果上帝仍然拒绝原谅我们的罪恶，让我们继续在海上拖延，我们所有人都将无法摆脱死亡的命运。”
据估计，西多尼亚的主要舰队可能在9月的第二周抵达爱尔兰西部。风向几乎每天都在变化，所以西班牙人更不幸，他们中的许多人后来被当地领导人“赠送”或卖给了英国人。
由于大多数在爱尔兰沿岸搁浅沉没的西班牙船没有幸存者可以返回西班牙，人们必须在最后一刻在他们的船上发生什么 但桨帆战舰“基洛纳”号的经历是个例外。当1588年9月21日德·雷瓦的“La Rata Santa Maria Encoronada当爱尔兰梅奥郡的布莱克索德湾沉没时，船上的大多数人转移到随行的“杜科斯纳圣安纳”号，但后者被强烈的西南风吹到多内戈尔海岸搁浅。
无奈之下，德雷瓦不得不带领幸存者向北徒步旅行。当他们沿着海岸到达多内戈尔湾北部的基里博格斯时，幸运地发现了桨帆战舰“基洛纳”号。船长法布利西奥。斯宾诺拉带领水手和士兵忙了三个星期，他们的船损坏得太严重了。德雷瓦部队的加入加快了维修速度，但船员们面临着供应严重不足的问题。经过讨论，军官们决定继续向北航行，绕过北爱尔兰的奥尔斯特海岸，然后在苏格兰西海岸找到中立港口。但在这个时候，船严重超编。据幸存者称，“基洛纳”号上塞满了1300人(根据编制表，即使是前两艘船的总人数也不到1100人，所以很可能还包括其他沉船的海员。)不幸的是，在10月28日的风暴中，“基洛纳”号再次破坏了尾舵。在奥尔斯特邓鲁斯城堡附近的海面上，面对强烈的北风和汹涌的大海，这艘船只能随波逐流。那天晚上，“基洛纳”号撞上了附近的拉卡达礁，然后沉没，包括德雷瓦在内的大多数人都被淹死了。